同院へ赴く際、多くの人が直面するのが交通手段の選択ミスです。最寄駅は神戸新交通ポートライナーの「医療センター駅」であり、改札を出ると屋根付きの連絡通路で病院の2階エントランスへ直結しています。雨の日でも傘をささずに移動できるバリアフリー構造は秀逸です。
注意すべきは自家用車でのアクセスです。敷地内には約400台収容の有料駐車場が用意されているものの、平日午前中は外来患者と入退院の送迎車が殺到し、周辺道路に長い入庫待ちの車列が伸びることが珍しくありません。駐車場に入るだけで30分以上空きを待つケースもあり、予約時間に遅刻するトラブルが頻発しています。
外来受診者には駐車料金の割引処理（精算機への認証で一定時間の減額）が適用されますが、それでも完全無料にはなりません。体調が極度に悪化している場合や車椅子利用を除き、平日の午前中は各線三宮駅からポートライナーを利用するのが最も計算の立つ賢明な選択肢です。
