格安航空会社（LCC）の台頭により、パイロットの就職・転職の選択肢は広がりました。しかし、大手2社とピーチ・アビエーションやジェットスター・ジャパン、スプリング・ジャパンといった各社との間には、依然として無視できない航空会社給与格差が存在します。
LCCパイロット給与比較を行うと、LCC各社の副操縦士年収は700万〜1,100万円前後、機長年収は1,400万〜1,800万円前後が相場です。大手と比べて基本給ベースが抑えられている分、フライト時間に応じた歩合給の割合が高く設定されているのが特徴です。
また、パイロットボーナス支給額においても大手とLCCでは差が生じます。大手が年間数か月分の安定した賞与を支給するのに対し、LCCは業績連動やインセンティブ型が多く、航空需要や燃油価格の変動が年収にダイレクトに影響を及ぼしやすい構造となっています。一方で、LCCは機長への昇格スピードが大手よりも早い傾向があり、「早くキャプテンになって経験と高いフライト単価を得る」というキャリア選択をするパイロットも増えています。
