日々の保存場所や、季節に応じた管理方法を知っておくことで、バウムクーヘンの味わいを格段に長く保つことができます。
基本は直射日光を避けた涼しい常温保存です。直射日光や暖房の温風が当たる場所を避け、25度以下の涼しい冷暗所に置いておけば問題ありません。ただし、夏場の猛暑期や室温が高くなる部屋では、周りをコーティングしているホワイトチョコレートやシュガーアイシング（フォンダン）が溶け出してしまうため、野菜室などの冷えすぎない冷蔵庫での保管が適しています。
冷蔵庫に入れると生地に含まれるバターが冷え固まり、引き締まった硬めの食感になります。しっかりとした噛みごたえを楽しみたい方には冷やしバウムクーヘンも人気ですが、本来のふんわり感を戻したい場合は食べる30分ほど前に室温に戻すか、ラップを外して電子レンジで500W・10秒ほど軽く温めるのがおすすめです。焼き立てのようなバターの芳醇な香りが蘇ります。
また、一度に食べ切れない場合は冷凍保存も可能です。1回分ずつ小分けにしてラップで包み、ジッパー付き保存袋に入れて冷凍庫に入れれば、約2〜3週間風味を維持できます。解凍は冷蔵庫での自然解凍が確実ですが、半解凍の状態でアイスケーキのようにひんやりとした口どけを楽しむのも通な食べ方です。
