沖縄本島と鹿児島を結ぶ定期航路において、那覇から与論島へのアクセスを担っているのがマリックスラインとマルエーフェリーの2社です。この航路の最大の特徴は、2社が毎日交互に船を出す「共同運航体制」をとっている点にあります。どちらの船に乗る場合でも、運航スケジュールは基本的に統一されています。
下り便（与論島・鹿児島方面行き）は、那覇市通堂町にある那覇港フェリーターミナル（那覇ふ頭）を毎朝07:00に出港します。その後、沖縄本島北部の本部港（09:00着／09:20発）を経由し、与論島の玄関口である供利港（ともりこう）へと向かいます。那覇 与論島 フェリー 所要時間は海況が穏やかであれば4時間50分で、供利港への到着予定時刻は11:50です。
一方、与論島から那覇へ戻る上り便は、供利港を14:10頃に出港し、本部港（16:40発）を経由して那覇港フェリーターミナルへ19:00に到着します。日帰りの滞在時間はわずか2時間強となってしまうため、観光目的であれば与論島内で最低1泊以上の宿泊を組む設計が基本となります。
乗船当日の受付手続きは出港の30分前（06:30）に締め切られます。特に観光シーズンは窓口が混雑するため、那覇港フェリーターミナルへは出港45分〜1時間前の06:00〜06:15には到着しておくのが鉄則です。
