高水準な給与の一方で、理研を語る上で避けて通れないのが雇用契約の形態です。理研の職員は、定年まで身分が保障される「無期雇用職員」と、契約年数に上限が設けられた「任期付職員」に二分されています。
とりわけ2026年春には、改正労働契約法に基づく通算10年での無期転換ルールを前に、多くの研究者・技術者が契約終了の危機に直面した「理研雇止め問題」が国内外で大きな波紋を呼びました。
この理研の雇止め問題の現在は、制度の抜本的な見直しと無期転換プロセスの透明化が進んでいます。優秀な若手・中堅研究者に対しては、所内審査を経て無期雇用ポスト（専任研究員など）へ登用するトラックが拡充されたほか、外部資金獲得に連動したプロジェクト雇用のルール整備が進められました。
しかしながら、無期ポストの絶対数には依然として限りがあります。「5年〜10年の契約期間内にトップジャーナルへ論文を通し、次のポジションを掴まなければならない」というプレッシャーは今なお強烈です。高年収の裏には、常にキャリアの不確実性と隣り合わせで結果を出し続けなければならないという、トップ研究機関ならではの過酷な競争環境が存在します。
