映画のクライマックス、中山道の宿場町・落合宿を巨大な要塞へと改造した刺客団と、明石藩主・松平斉韶率いる53騎（三池版では300人超の大軍勢）との戦闘は、映画史に残る凄惨な消耗戦へとなだれ込みます。次々と仲間が凶刃に倒れ、爆薬や奇襲を駆使したゲリラ戦の末に、刺客13人のうち最終的に生き残ったのは島田新六郎（山田孝之）と木賀小弥太（伊勢谷友介）の2名だけでした。
筆頭を務めた島田新左衛門（役所広司）は、明石藩御用人・鬼頭半兵衛（市村正親）との宿命の一騎打ちを制した後、泥まみれになりながら斉韶を追い詰めます。命乞いをするどころか「今日ほど面白き日はなかった」「そちたちを虫けらのように殺してくれる」と言い放つ斉韶の首を撥ねた新左衛門ですが、直前に斉韶から脇差で下腹部を深々と刺されており、甥の新六郎に侍としての生き様を遺言して息を引き取りました。
ここで観客の間で最大の議論を呼んだのが、「喉を裂かれて絶命したはずの木賀小弥太がなぜ生存しているのか」という点です。山中でスカウトされた13人目の男・小弥太は、激戦の中で敵の刃を首元に受けて倒れ、確実に絶命した描写がなされていました。しかしラストシーン、新六郎の前に何事もなかったかのように姿を現し、性への奔放な欲望を口にしながら去っていきます。
映画関係者の証言や当時のメイキングインタビューによると、三池崇史監督は小弥太を「人間を超越した山の神・荒ぶる自然の象徴」として意図的に配置したと語っています。侍たちが大義や名誉、主従関係に縛られて命を捨てていく無常さに対し、土着の生命力を持つ民衆は殺されても決して滅びないという鮮烈なカウンターパート（対比構造）として描かれているのです。
