大和八木駅を初めて利用した人が真っ先に直面するのが、フロア間の激しい高低差です。大和八木駅乗り換え構内図を俯瞰すると、駅構造は完全な3層構造になっています。地上1階に位置するのが京都・大和西大寺と橿原神宮前を結ぶ橿原線ホーム（1・2番のりば）、2階が改札口や駅務室を備えた中央コンコース、そして高架3階に大阪難波・上本町と近鉄名古屋・賢島方面を結ぶ大阪線ホーム（3〜6番のりば）が直角に交わる形で配置されています。
都市部の地下鉄や私鉄で見られる対面乗り換えとは異なり、1階と3階のホームを直接結ぶ階段や直通エレベーターは存在しません。どのホームから移動する場合でも、必ず一度「2階コンコース」を経由しなければならない設計が、心理的な距離感と混乱を増幅させています。
さらに「大和八木駅立体交差の真相」を深く掘り下げると、線路配置の歴史的背景が浮かび上がります。もともと地上を走っていた両路線ですが、昭和40年代の高度経済成長期に伴う輸送力増強計画により、大阪線の高架複々線化（待避設備含む）工事が断行されました。その際、敷地の制約から南北の橿原線を地上に残し、東西の大阪線を3階へと持ち上げる立体交差が完成した経緯があります。
加えて、駅の北西側には大阪線と橿原線を結ぶ「新ノ口短絡線（新ノ口連絡線）」が敷設されています。京都駅と伊勢志摩方面を直通する観光特急「しまかぜ」や特急列車は、大和八木駅のホームに入線せずこの連絡線を経由するため、停車するホームや運行ルートが一般的な列車と異なる点も、来訪者を戸惑わせる一因となっています。
