進路選びで最大の懸念点となりやすいのが学費です。TSMの初年度納入金は専攻によって異なるものの、概ね150万円〜180万円前後、2年間〜4年間の総額では300万〜600万円規模となります。一般的な文系専門学校と比較して割高に見える理由は、最新のレコーディングスタジオ、大型ライブホール、高機能PA・照明機材の維持管理費や、著名講師の招聘費用が含まれているためです。
ただし、経済的なハードルをクリアするための支援策も充実しています。代表的なのが、実技試験や書類選考を通じて学費の一部が免除される東京スクールオブミュージックの特待生制度です。意欲や才能に応じて最大で数十万円単位の免除が受けられるほか、日本学生支援機構（JASSO）の奨学金や国の高等教育修学支援新制度（給付型奨学金・授業料減免）の対象校にも指定されています。
