どれほど美しく縁起が良いと言われても、室内で発生する以上、最も気になるのが人体や同居ペットへの毒性リスクです。結論から言うと、コガネキヌカラカサタケは「食用不可（食毒不明・微毒性あり）」に分類されており、絶対に口にしてはいけません。
菌類図鑑や農林水産関連の学術資料においても、本種は毒成分の詳細が完全に特定されていない「食毒不明種」として扱われています。しかし、ハラタケ目キヌカラカサタケ属の近縁種には消化器系の毒（胃腸障害性毒）を持つものが多く存在し、誤って摂取した場合には激しい嘔吐、腹痛、下痢、悪寒などを引き起こす危険性が指摘されています。味覚的な興味本位で調理することは厳禁です。
特に室内環境で注意を払うべきは、好奇心旺盛な犬や猫、乳幼児による誤食事故です。床置きしているパキラやモンステラなどの大型鉢植えに発生した場合、ペットが戯れて噛みちぎったり、小さな子供が口に入れたりするリスクが高まります。犬や猫が摂取した場合、短時間で嘔気やぐったりとした脱力症状を示す恐れがあるため、ペットの手が届く場所で見つけた際は鑑賞を優先せず、即座に根元から摘み取る判断が求められます。
さらに見落とされがちなのが、成菌が飛散させる大量の胞子によるアレルギーリスクです。傘が全開になると、周囲に黄色い粉末状の胞子を大量に撒き散らします。気密性の高い現代住宅のリビングや寝室で胞子が空気中に充満すると、気管支喘息やアレルギー性鼻炎、過敏性肺炎の引き金になりかねません。アレルギー体質の方がいる家庭では、傘が開ききる前に除去するのが鉄則です。
