市立函館病院を受診する際、最も注意しなければならないのが「紹介状（診療情報提供書）」の有無による費用の違いです。国の医療提供体制改革に基づき、病床数500床を超える地域医療支援病院では、かかりつけ医と大病院の機能分担を促進するための「選定療養費」の徴収が義務付けられています。
市立函館病院においても、他の医療機関からの紹介状を持参せずに初診外来を受診した場合、通常の保険診療一部負担金に加えて選定療養費7,700円（税込）が原則として徴収されます。これは再診時にも適用されるケースがあり、病状が安定して他院への逆紹介を打診されたにもかかわらず自身の希望で市立函館病院を受診し続けた場合、再診時選定療養費（3,300円前後）が受診ごとに上乗せされる仕組みです。
もちろん、救急車で搬送された緊急性の高い患者や公費負担医療の受給者などは対象外となりますが、「風邪気味だから安心できる大病院に行こう」といった安易な受診は、窓口での思わぬ高額請求につながります。まずは地域のかかりつけ医に相談し、必要に応じて紹介状を発行してもらうルートを選択するのが最も合理的かつ経済的です。
なお、新患の外来受付時間は原則として平日の午前8時15分から午前11時までとなっています。ただし、診療科によっては完全紹介予約制を採用している部門や特定の曜日のみ新患を受け入れる体制もあるため、公式のアナウンスや事前の電話確認を怠ってはなりません。
