上部消化管内視鏡検査において、受診者が最も恐れるのが喉を刺激された瞬間に生じる激しい吐き気、いわゆる「オエッ」となる嘔吐反射です。この不快感の根本原因は、舌の根元にある「舌根部（ぜっこんぶ）」や喉の奥の咽頭後壁にスコープが強く接触することにあります。
経鼻内視鏡と経口内視鏡の違いを解剖学的に見ると、スコープが通過するルートが根本から異なります。口からの検査ではスコープが舌の真上を通り、どうしても舌根部を圧迫するため、人体が異物を排出しようとする防御反応（咽頭反射）が強く誘発されます。一方、鼻からの検査ではスコープが鼻腔底を通り、舌根部を完全に跨ぎ越す形で咽頭へと滑り込みます。日本消化器内視鏡学会の指導施設に属する複数の専門医が指摘するように、物理的に舌根へ触れないアプローチこそが「鼻のほうが楽」と評される最大の医学的根拠です。
外径の数値差も身体的侵襲の度合いを左右します。経口用スコープの外径が一般的に約9.0〜10.0mm前後であるのに対し、経鼻用スコープは技術革新によって約5.0〜5.8mmと、ほぼ鉛筆やうどん1本分程度の極細サイズまでスリム化されています。喉を通過する際の圧迫感は、径の太さに比例して劇的に軽減されます。
事前処置のプロセスにも大きな差異が存在します。口からの場合、咽頭にゼリー状やスプレー状の局所麻酔薬を数分間溜める処置を行いますが、多くの受診者が「胃カメラ喉の麻酔の違和感によって喉が腫れ上がったように感じ、唾液を飲み込めずパニックになりかけた」と振り返ります。対して鼻からの検査では、出血を予防する血管収縮薬を点鼻した上で、鼻腔の局所麻酔スプレーや麻酔ゼリーを塗布したスティックを挿入して通り道を確保します。喉への麻酔浸潤が極めて少ないため、検査中も会話が可能で、呼吸のコントロールが乱れにくい点が支持を集めています。
