クラリネットの運指で中級者の壁となるのが、両手の小指で操作する合計8本ものサイドキー群です。フルートやサックスとは異なり、クラリネットの低音域（ミ・ファ・ファ♯・ソ♯）および中高音域（シ・ド・ド♯・レ♯）には、左手でも右手でも同じ音が出せるダブルアクションキーが配置されています。
小指の替え指における「左右交互の原則」
初心者が最も陥りやすいミスが、「常に使い慣れた右手の小指だけで連続する音を処理しようとしてキーの上を滑らせる（スライドさせる）」ことです。スライドはレガートを寸断し、カチャカチャという激しいキータッチノイズの原因になります。
基本ルールは極めてシンプルで、「クラリネット小指の替え指は直前の音と直後の音を見て、右→左、または左→右と交互に割り振る」ことです。例えば、低音の「ファ♯（右小指）→ソ♯（左小指）→ファ♯（右小指）」のように小指をスイッチさせる設計が楽譜の中に組み込まれています。現代の指導譜では、左手で押さえるべき小指キーの上に「L（Left）」、右手には「R（Right）」の指示記号を書き込む運指管理がスタンダードです。
トリル運指とサイドキーのフル活用
速い装飾音やトリルでは、通常の運指では指の往復運動が物理的に追いつきません。ここで威力を発揮するのが右手人差し指の付け根付近にある4本のサイドキー（トリルキー）です。
- 中音AからB♭のトリル：通常のA（左手人差し指Aキー）を押したまま、右手人差し指でサイドの上から3番目（または第1・第2キー）を連打する。
- クラリオン音域のドからレのトリル：通常のドの運指のまま、右手人差し指でサイドキーを叩く特殊トリル運指を使用。
こうしたクラリネットトリル運指表に記載される特殊な指使いは、音色そのものは通常の運指よりやや劣るものの、スピードと音程の跳躍を担保するために第一線のオーケストラ奏者も日常的に駆使しています。
