ホットケーキミックスを使ってクッキーを焼いた際、多くの人が直面するトラブルが「噛めないほど固くなる」「中央が生焼けのまま表面だけ硬化する」という現象です。製菓メーカーの技術資料や調理科学の分析によると、この失敗には明確な3つの構造的要因が存在します。
第1の要因は、小麦粉のグルテン形成です。ホットケーキミックスの主原料である薄力粉には「グリアジン」と「グルテニン」という2種類のタンパク質が含まれており、水分を加えて練ることで強固な網目構造（グルテン）を形成します。ホットケーキを作る際にはふんわりとした骨格を作るために役立ちますが、クッキー作りで過剰に生地をこねたり練り合わせたりすると、硬度が増して焼き上がりが「瓦せんべい」のように硬直してしまいます。
第2の要因は、油脂のショートニング性不足です。クッキー特有のサクサクとした軽い食感は、油脂が小麦粉の粒子をコーティングしてグルテンの結合を分断する作用（ショートニング性）によって生まれます。レシピの油脂量が少なすぎたり、粉と油が均一になじんでいなかったりすると、グルテンの分断が起こらず、密度が詰まった硬い生地になってしまいます。
第3の要因は、配合されているベーキングパウダーの膨張特性と水分比率のアンバランスです。ホットケーキミックスにはあらかじめ膨張剤が適量配合されています。ここに水分（牛乳や卵）を多く加えすぎると、気泡が水分を抱え込んで膨らみ、クッキーではなく「薄いパン」のような食感に変化してしまいます。サクサク感を追求するなら、加える水分を極力抑え、油脂の力でまとめる設計が不可欠です。
