「神保町本店が閉店したなら、もう芳賀書店は利用できないのか？」という疑問を抱く方も多いですが、実態は異なります。現在、芳賀書店は秋葉原店（実店舗）と公式通販サイトを通じて精力的に営業を継続しています。
JR秋葉原駅から徒歩圏内にある「芳賀書店 秋葉原店」は、電気街・サブカルチャー街の文脈に溶け込み、最新のメディアソフトやグラビア関連アイテム、成人向けコンテンツを豊富にラインナップしています。神保町時代のような映画専門書の山を見ることはできませんが、マニアックな需要に応える専門書店としてのDNAはしっかりと引き継がれています。
また、全国のユーザーを支えているのが「芳賀書店 通販」です。店舗へ直接足を運べない地方のコレクターや、絶版となったビンテージ写真集・関連アイテムを探すユーザーにとって、公式オンラインショップは現在も重要な調達インフラとなっています。SNS上でも「探していた古い写真集が芳賀書店のネット通販で見つかった」「発送が丁寧で助かる」といった実用面での高評価が寄せられています。
