制度改定によって手当面の改善が進められてきたものの、常勤の正規公務員との間には依然として埋めがたい格差が横たわる。同じ部署で隣り合い、ほぼ同等の事務処理や住民対応をこなしていても、基本給のベースとなる給料表は大きく異なる。初任給水準の固定給に近い体系が敷かれている自治体が多く、民間企業のような年功に応じた継続的な昇給カーブはほとんど描けない。
ボーナス面においても、法改正により期末・勤勉手当の双方が支給対象となったが、支給月数の掛け率や基礎額の算出方法で差がつくケースが散見される。勤務時間が週38時間45分に満たない「パートタイム会計年度任用職員」の場合、時給換算で給与が算出されるため、祝日が多い月は手取り額が大幅に目減りする「月給の乱高下」に悩まされる職員も少なくない。人事院勧告に連動した給与改定の恩恵を受けるまでにタイムラグが発生するなど、給与明細を開いて初めて現実を突きつけられる現場の声は根強い。
