お寺と神社の最も根本的な違いは、信仰している宗教そのものにあります。神社は日本古来の自然崇拝や祖先信仰に根ざした「神道(しんとう)」の施設であり、お寺は6世紀半ばに大陸から伝来した「仏教」の修行および教化の場です。
神社では、山・川・海・風といった自然界の森羅万象や、実在した偉人などを「八百万(やおよろず)の神」として祀ります。神道の神様は目に見えない存在であるため、本殿の奥に鏡や剣などの「御神体」を安置し、直接姿を拝むことはありません。祭祀を執り行うのは神主(宮司・禰宜など)です。
一方、お寺は釈迦が開いた仏教の教えに基づき、釈迦如来、阿弥陀如来、薬師如来や観音菩薩といった「仏様」の像(本尊)を安置しています。お寺に仕えるのはお坊さん(僧侶・住職)であり、仏の教えを守り、修行を重ねて人々を救済・供養することが主な役割です。