文武両道を掲げる当仁中学校では、放課後の部活動にも熱気が満ちています。敷地面積が広大とは言えない都市部特有の制約がありながらも、体育館やグラウンドを効率よくローテーションして充実した練習量を確保しています。
特に運動部では、バスケットボール部やバレーボール部、軟式野球部が市大会や区大会で上位に食い込む常連です。過去には陸上競技や水泳などの個人種目で県大会・九州大会へ駒を進めた生徒も輩出しています。また、文化部では吹奏楽部や美術部が精力的に活動しており、校内行事での発表だけでなく地域の秋祭りや福祉施設での演奏機会など、地域密着型の活動が定着しています。
熱心な顧問の指導と、外部指導員の導入による部活動地域移行への柔軟な適応が進んでおり、限られた活動時間の中で自主性を重んじる指導スタイルが根付いています。