耳鼻咽喉科と並び、同院の柱となっているのが丸山耳鼻咽喉科医院のアレルギー科です。季節性アレルギー性鼻炎（花粉症）はもちろんのこと、ハウスダストやダニによる通年性アレルギー、副鼻腔炎、アレルギー性咽喉頭炎まで、幅広い症状に対応しています。
治療においては、対症療法としての抗ヒスタミン薬や点鼻薬の処方にとどまらず、根本的な体質改善を目指す舌下免疫療法や、詳細なアレルギー検査（血液検査）を柔軟に提案してくれます。患者それぞれのライフスタイルや「眠気が出にくい薬が良い」といった細かな希望を丁寧にヒアリングした上で処方を調整してくれる姿勢が、多くのリピーターを生む理由となっています。
