我孫子中学校の部活動は、同校を象徴する大きな柱です。運動系・文化系を問わず活発に活動していますが、中でも全国・関東レベルでその名を知られるのが駅伝部（陸上長距離）と吹奏楽部です。
東葛駅伝・全国大会での輝かしい足跡「駅伝部」
千葉県東葛飾地方の伝統行事である「東葛飾地方中学校駅伝競走大会（東葛駅伝）」において、我孫子中学校は歴代最多クラスの優勝回数を誇る超強豪校として君臨しています。さらに、千葉県中学校駅伝大会を制して全国中学校駅伝大会（全中駅伝）への出場・入賞を果たすなど、その育成ノウハウは全国的にも注目されています。朝練習や手賀沼周辺を活用した走り込みなど、質の高い練習環境が生徒のポテンシャルを引き出しています。
響き渡る感動の音色「吹奏楽部」
文化部を牽引する我孫子中学校吹奏楽部は、千葉県吹奏楽コンクールや東日本学校吹奏楽大会、日本管楽合奏コンテストなどで金賞をはじめとする数多くの栄誉に輝いてきました。定期演奏会の開催や市内イベントでの招待演奏など、地域に根ざした活動も精力的に行っており、高度なアンサンブル技術と表現力は高い評価を得ています。
もちろん、野球、サッカー、バスケットボール、バレーボール、テニス、卓球、剣道、美術部など他の部活動も葛南地区大会を中心に熱心な活動が展開されており、生徒一人ひとりが打ち込める選択肢が用意されています。
