絶大な人気を誇るひのとりですが、利用前に把握しておくべき注意点やネット上の誤解も存在します。
第1の誤解は「レギュラー席は安かろう悪かろうなのではないか」という懸念です。実際には前述の通り、全席バックシェルと116cmのシートピッチが確保されているため、快適性において他社特急の一般的な指定席を大きく凌駕しています。コストを抑えつつ静かに作業や読書をしたい場合、レギュラー車両でも十分以上の満足度が得られます。
留意すべき盲点は、停車駅パターンの違いです。ひのとりは基本パターンとして近鉄名古屋〜大阪難波間を津・大和八木・鶴橋・大阪上本町のみに停車して結ぶ「甲特急」運用が中心ですが、停車駅が異なる便や、ダイヤ乱れ時の接続関係には注意が必要です。また、新幹線と比較すると車内販売の巡回がないため、カフェスポットの飲料・軽食自販機以外の本格的な食事（駅弁など）は、乗車前に駅構内で購入しておく必要があります。
