預け入れ時の手数料体系は、各行によって大きく異なる。かつて「小銭の駆け込み寺」と称されたゆうちょ銀行だが、現在では窓口での硬貨預け入れにおいて、50枚までは手数料無料だが51枚から500枚までは660円の手数料が発生する（※枚数に応じて段階的に加算）。また、校外や駅前に設置された銀行ATMでの硬貨預け入れについては、1枚目から110円以上（時間帯や台数により異なる）の料金が課される仕組みが一般化している点に注意が必要だ。
一方で、メガバンクの雄である三菱UFJ銀行の場合、窓口での預け入れは1日100枚まで無料枠が維持されているケースが多い。ただし、101枚を超えた瞬間に数百円から千円超の手数料が段階的に発生する。101枚の硬貨を預けるだけで手数料を引かれ、実質的に手元に残る金額が目減りするため、窓口に持ち込む前の事前カウントが合否を分ける。各金融機関が設定する「1日あたりの無料上限枚数」を把握していないと、知らず知らずのうちに損を重ねることになる。
