日本海側の気候は変わりやすく、旅行当日に雨が降るケースも珍しくありません。城崎マリンワールドは屋外移動を伴う施設構造ですが、主要な展示施設とショースタジアムには屋根が完備されているため、雨の日でも十分に楽しむことが可能です。
雨天時は、回遊動線を「屋内主導」に切り替えるのがスマートです。国内最大級の深さを誇る水深12mの大水槽がある「Sea Zoo」や、イルカやアシカが水中を優雅に泳ぐ姿を下から見上げる「Tube」エリアは完全屋内。雨粒を気にせず、幻想的なブルーの世界に浸ることができます。また、イルカ・アシカスタジアムの観覧席も上部が大きなシェルター屋根で覆われており、強風を伴う荒天でない限り、雨に濡れずに迫力のショーを堪能できます。雨の煙る日本海と、沖合に佇む後ヶ島の竜宮城は、晴天時よりもかえって幽玄で神秘的な風情を醸し出します。
園内のランチ情報も見逃せません。館内には日和山海岸のパノラマビューを眺めながら食事ができる「カフェ＆レストラン テラス」があり、但馬牛を用いた本格バーガーや地元の海の幸を使った海鮮重が観光客から高い支持を集めています。また、軽食感覚で済ませたいなら、前述したアジバーでの天ぷらに加え、テイクアウトショップのシーフード軽食を組み合わせるのがローカルの通な楽しみ方です。時間に余裕があれば、退園後に車で約10分の城崎温泉街へ移動し、名物の松葉ガニ料理（冬季）や出石そばを堪能するグルメコースもおすすめです。
