事件が発生したのは、2011年3月3日の夕暮れ時でした。熊本県熊本市（現・熊本市南区富合町）のディスカウントストア「スーパーコンボ富合店」を訪れていた清水心ちゃん（当時3歳）は、母親がレジで精算を済ませるわずかな合間に姿を消しました。店内放送や店員による捜索、さらには警察への緊急通報が行われましたが、店内や敷地内から心ちゃんの姿は見つかりませんでした。
警察による大規模な捜索活動が展開される中、店内の防犯カメラ映像を精査した捜査本部は、不審な動きを見せる若い男の姿を確認します。男は心ちゃんを抱え上げて店舗奥の多目的トイレへと連れ込み、その後、大きなリュックサックを抱えて店舗を出て、軽乗用車で走り去っていました。警察は防犯カメラの解析と車両の割り出しを急ぎ、翌3月4日未明、熊本市内に住む当時20歳の大学生・山口芳寛を特定し、任意の事情聴取を開始しました。
山口は当初関与を曖昧にしていましたが、厳しい追及の末に犯行を自供。供述に基づき、現場から約4キロメートル離れた坪井川放水路（農業用排水路）のマンホール内を捜索したところ、遺体となって発見された心ちゃんが収容されました。無残な結末に対し、遺族の絶望と地域社会の憤りは筆舌に尽くしがたいものとなりました。
