両者の関係を語る上で、科学者たちを長年驚かせてきたのが「染色体数の違い」です。同一種でありながら、野生のニホンイノシシの染色体数が「2n=36」であるのに対し、一般的な家畜豚の染色体数は「2n=38」となっています。
本来、哺乳類において染色体数が異なると、減数分裂が正常に行われず、異種間交配によって生まれた次世代は不妊（生殖能力を持たない）になるケースが通例です（代表例が馬とロバの交配種であるラバ）。しかし、イノシシと豚の間ではロバートソン型転座（染色体の融合・分離）と呼ばれる特殊な変異が起きているため、染色体数に差異があっても遺伝子の機能的欠損が生じません。
この遺伝的特異性により、雄イノシシと雌豚（あるいはその逆）を交配させると、染色体数「2n=37」を持つ一代雑種「イノブタ」が誕生します。驚くべきことに、イノブタはオスメスともに完全な生殖能力を維持しており、イノブタ同士、あるいはイノシシや豚とさらに交配を重ねる（戻し交配）ことが可能です。畜産研究所の育種データによると、この繁殖力の高さこそが、両者が生物学的に独立した「別種」ではなく「同種内の亜種関係」に過ぎない決定的な科学的裏付けとされています。
