同院が担う医療機能の真骨頂といえるのが、手厚いスタッフ配置を誇るヨナハ丘の上病院のリハビリテーションです。理学療法士（PT）、作業療法士（OT）、言語聴覚士（ST）が多数在籍し、患者一人ひとりの生活背景に合わせたリハビリ計画を立案しています。
病棟は「回復期リハビリテーション病棟」と「療養病棟」に大別され、急性期を脱した直後の集中的な訓練から、長期的な療養を要する慢性期医療までをシームレスにカバーします。リハビリ室だけでなく、病棟内の廊下や食堂、日常生活動作そのものを訓練の場と捉えるアプローチが導入されており、365日体制で途切れない機能回復訓練が提供されています。
入院生活を支える家族にとって最大の関心事であるヨナハ丘の上病院の面会時間については、昨今の感染症流行状況に応じた厳格な安全基準が敷かれています。現在の面会体制は、無制限な出入りを許可するのではなく、患者の安静と院内感染防止を最優先にした運用が基本です。
面会可能時間帯は原則として午後の指定時間（概ね14時から17時前後の時間帯）に設定され、1回あたりの滞在時間や同伴人数に上限が設けられています。病状や病棟区分によっては事前予約制が採られているケースもあるため、来院当日に面会を断られるといった事態を防ぐためにも、病棟スタッフステーションへの事前確認が欠かせません。
