秋篠宮家を巡る批判のなかで、最も具体的な数字を伴って追及されたのが、秋篠宮邸の大規模改修工事と佳子さまの別居問題です。工事の計画段階から引き渡し、そしてその後の説明に至る経緯は、皇室広報における不手際の典型例として現在も議論の対象となっています。
宮内庁の公式発表によると、赤坂御用地内にある旧秋篠宮邸は築50年近くが経過し、老朽化や耐震強度の不足、さらに皇嗣家としての公務増加に伴う事務スペース拡充が急務となっていました。そのため、2020年から2022年にかけて本邸の大規模改修工事が実施され、その間の仮住まいとして「御仮寓所(ごかぐうしょ)」が新設されました。工事費用は本邸改修に約26億円、御仮寓所の新築工事に約10億円、関連付帯工事を合わせて約30億円規模に達しています。
世論の反発が頂点に達したのは、2022年秋の本邸完成後、改修後の本邸に佳子さまが移住されず、御仮寓所(現・分室)に居住を続けられている事実が判明した局面でした。当初の対外説明では「仮住まい期間の終了後は家族全員で本邸へ戻り、御仮寓所は事務棟や収蔵庫として活用する」とされていたため、「国民への説明を翻した秘密の別居ではないか」「私室を2棟にまたがって保持するのは税金の二重遣いではないか」といった激しい非難が巻き起こりました。
宮内庁は2023年6月にようやく公式な経緯を公表し、「経費節減のため、本邸内の私室部分を当初計画から削減し、佳子さまと眞子さん(当時)の部屋を御仮寓所に残す計画に設計変更していた」と弁明しました。しかし、事後報告となった事実関係の開示は世論の納得を得るには至らず、かえって疑念を深める結果を招きました。