五所駒瀧神社の見どころとして外せないのが、美しく繊細なデザインで知られる限定御朱印です。神職の手によって季節の花々や伝統的な行事、干支や動物のモチーフが丁寧に描かれており、御朱印巡りの愛好家からも極めて高い評価を得ています。
春の桜、初夏の新緑、秋の紅葉など、時期ごとに頒布される切り絵御朱印や透かし彫りの限定紙は、単なるスタンプラリーではなく「参拝の記憶を芸術として持ち帰る体験」として参拝者を魅了しています。御朱印の授与時間は午前9時00分から午後4時30分頃までとなっており、直書きの対応状況や限定紙の在庫は時期によって変動するため、事前の確認が推奨されます。
また、授与所で頒布されているお守りも多種多様です。厄除開運や病気平癒、交通安全はもちろんのこと、後述するペット用の健康長寿お守りや肉球モチーフのお守りなど、細やかな配慮が行き届いた授与品が揃っています。