保護者や受験生が最も気になるポイントの一つが、進路の「出口戦略」です。甲南大学 内部進学を希望する場合、アドバンストコース在籍者の約6割から7割が一定の成績基準を満たすことで甲南大学の各学部（法、経済、経営、文、理工、知能情報、フロンティアサイエンス）へ推薦進学を果たします。
特筆すべきは、甲南高校 大学合格実績を支える「被推薦権を保持したまま国公立大学を受験できる制度」の存在です。甲南大学の合格枠をキープした状態で国公立大学の一般選抜に挑戦できるため、生徒は浪人リスクを最小限に抑えつつ、果敢に難関大へチャレンジすることが可能です。
近年の進学実績では、京都大学、大阪大学、神戸大学をはじめとする国公立大学へ毎年20〜30名規模の合格者を輩出。私立大学でも同志社大学、立命館大学、関西学院大学、関西大学（関関同立）や早慶上理への合格実績が着実に積み上がっており、内部進学校でありながら「進学校」としての顔もしっかりと併せ持っています。
