屋外環境で飼育容器を脅かす捕食者は、生息域ごとに分類して警戒レベルを設定する必要があります。以下に代表的な外敵の特徴と危険度をまとめました。
【空からの捕食者（危険度：極大）】
サギ類（アオサギ・コサギ）、カラス、セキレイ、カワセミ、ヒヨドリ。
嘴（くちばし）が器用で、浅い水深の容器なら数分で数十匹を完食します。特にサギは容器の縁に足をかけ、長い首を伸ばして底に潜む個体まで正確に捕食します。
【陸からの捕食者（危険度：大）】
野良猫、アライグマ、イタチ、メダカの天敵カエル（トノサマガエル・ウシガエルなど）、メダカの天敵イモリ・ヘビ。
猫は前足で器用にメダカをすくい上げ、水草ごと引っ掻き回すため水槽崩壊の原因にもなります。また大型のカエルやシマヘビ・アカハライモリは、水中に潜入してメダカを一気に丸呑みにします。
【水中の暗殺者（危険度：特大）】
ヤゴ（トンボの幼虫）、マツモムシ、タガメ、ゲンゴロウ類、タイコウチ。
飼育容器の内部にいつの間にか潜り込み、水底の隠れ家からメダカを待ち伏せして捕らえるステルス型の天敵です。
