アボカドの種から発芽させる最も手軽で確実なアプローチが水耕栽培（水栽培）です。ガラス容器を使えば、種が割れて太い根が伸びていくダイナミックな生命力を間近で観察できます。
栽培を始めるにあたって最も大切なのが、アボカドの種の向き（上下の判別）です。アボカドの種をよく観察すると、少し尖っている側と、丸く平らでおへそのような跡がある側があります。「尖っている方が上（芽が出る側）」で「丸く平らな方が下（根が出る側）」です。これを逆さまにして水に浸けてしまうと、うまく発根・発芽しない原因になります。
水耕栽培のセッティング手順は以下の通りです。
1. 種をしっかり洗う：果肉の油分が残っていると腐敗の原因になるため、食器用洗剤を薄く使って流水でぬめりを完全に洗い流します（薄皮は剥がしてもそのままでも問題ありません）。
2. つまようじを刺す：種の中心よりやや上あたりに、等間隔で3〜4本のつまようじを斜め下に向けて浅く刺します。
3. 容器にセットする：透明なコップや空き瓶のフチにつまようじを引っ掛け、種の下半分（約3分の1から半分程度）が常に水に浸かるよう調整します。
