保護者が最も関心を寄せるのが、全国型総合大学である東海大学（医学部から海洋、航空宇宙、情報系まで擁するマンモス校）への内部推薦ルートです。ネット上では「星翔に入れば誰でも無条件で東海大に行ける」といった噂も散見されますが、現場の仕組みはよりシビアかつ合理的です。
卒業生の東海大学への内部進学率は例年およそ40%〜50%を記録しています。この内部推薦を勝ち取るための最大のハードルが、全国の付属高校生が一斉に受験する実力試験「学園基礎学力定着度試験（旧・標準化試験）」です。高校2年・3年の4月に実施されるこのテストの全国偏差値と、校内の内申点をもとに、志望学部のマッチングが行われます。
医学部医学科やパイロットを養成する航空宇宙学科、人気急上昇中の情報理工学部などのプラチナ学科には厳しい選抜基準が設けられていますが、文系・理工系・農学系など幅広い学部において、一般入試では手が届きにくい難関枠への優先切符を手に入れられる点は付属校ならではの絶大なアドバンテージです。
また、東海大学付属熊本星翔高校の進学実績は付属推薦だけに留まりません。特進コースからは熊本大学をはじめとする国公立大学、熊本学園大学や崇城大学などの地元有力私立、さらにはMARCH・関関同立といった全国区私大への現役合格者を着実に輩出しており、一般入試で勝負できる学力育成にも力を注いでいます。
