結婚後、キキとトンボの間には「ニニ」と「トト」という男女の双子の子供が誕生します。原作第6巻（完結編）では、13歳を迎えた子供たちがそれぞれのアイデンティティに悩む姿が描かれ、世代を超えた家族の絆が浮き彫りになります。
長女のニニは非常に活発で感情表現が豊かな少女ですが、「魔女になるべきか、それとも普通の人間として生きるべきか」という進路に激しく葛藤します。一方、長男のトトはおとなしく知性派で、本来は女性しか継ぐことのできない「魔女の魔法」や薬草作りに強い興味を示します。
トンボは父親として、子供たちの自由な意志を尊重し、穏やかに見守る理想的な家庭人へと成長しました。キキの魔法とトンボの探究心が子供たちへ受け継がれていく物語は、単なるアニメのスピンオフにとどまらない深い感動を呼んでいます。
