チワワが天寿を全うする上で避けて通れないのが、好発疾患の理解です。保険金請求データおよび獣医学術論文の分析によると、チワワの死因上位には明確な偏りが見られます。
死因ランキングの第1位は心疾患（特に僧帽弁閉鎖不全症）であり、全体の25〜30%前後を占めます。次いで第2位に腫瘍（がん・悪性リンパ腫）、第3位に腎不全・泌尿器系疾患、第4位に脳神経系障害（水頭症・てんかん・脳炎）が続きます。
とりわけ警戒すべき「僧帽弁閉鎖不全症」は、左心房と左心室の間にある弁が加齢に伴い変性し、血液が逆流してしまう病気です。10歳を超えたチワワの約3頭に1頭が罹患しているとされ、初期段階では無症状のまま進行します。「夜間や早朝に乾いた咳をする」「散歩ですぐ座り込む」「呼吸が浅く速い」といった異変に気付いた段階では、すでに心肥大が進行しているケースが少なくありません。ACVIM（米国獣医内科学会）ガイドラインに基づくステージB2以降では、早期の強心薬投与が余命を劇的に延伸させることが実証されています。
また、チワワ特有の先天性・後天性疾患である水頭症も寿命に深く関わります。頭蓋骨内の脳室に脳脊髄液が過剰に溜まり、脳組織を圧迫する疾患です。幼少期に発症した重症例では1〜2年で命を落とす危険がある一方、軽度で適切な投薬（脳圧降下剤など）管理が行われていれば、成犬以降も通常の寿命を全うできる事例が増加しています。ドーム状の頭部（アップルヘッド）を持つチワワ特有の個体差を正しく把握することが不可欠です。
