科博の敷地は、国の重要文化財に指定されているネオルネサンス様式の「日本館」と、最先端の科学・生命史を網羅した近代的な「地球館」の2棟で構成されています。初めて訪れる来館者がまず圧倒されるのが、その規模の膨大さです。全体を隈なく見学すると1日では到底足りないため、日本館と地球館の見どころをあらかじめ絞り込んでおくことが満足度を左右します。
日本列島の形成史と日本人の歩みを辿る「日本館」の象徴といえば、3階北翼に鎮座するフタバスズキリュウの実物化石や、忠犬ハチ公の剥製です。一方の「地球館」は地下3階から地上3階までの巨大空間で、地球環境の変動と生命進化の壮大なドラマを体感できます。特に地下1階の恐竜化石展示は世界屈指のクオリティを誇り、ティラノサウルスとトリケラトプスが対峙する復元骨格は、化石ファンならずとも息を呑む迫力です。
さらに見逃せないのが、日本館地下1階にある全球型映像施設「シアター36○（サン・ロク・マル）」です。球体の中心にかかる橋の上に立ち、360度全方位に広がる3D映像と音響に包まれる感覚は唯一無二の没入感をもたらします。シアター36○の上映スケジュールは月替わり・曜日替わりで複数のプログラム（恐竜の世界、深海、人類の進化など）が約10分間隔でローテーション上映されているため、入場直後にタイムテーブルを確認して動線に組み込むのが賢明です。
