アニメ化において、2003年放送の第1作（通称・無印）と2009年放送の『鋼の錬金術師 FULLMETAL ALCHEMIST（FA）』では、ホムンクルスの根本的な世界観設定が完全に異なります。
原作・FA版では前述の通り「お父様の感情から生まれた存在」ですが、2003年版アニメでは「錬金術師が人体錬成に失敗した際に生まれる異形のなりそこない」という設定でした。錬成された死者の未練や生前の記憶の残滓を引きずっており、弱点も「生前の本物の遺骨」という極めてオカルトかつ陰鬱なものになっています。
配役の違いも衝撃的です。2003年版では、エドとアルが錬成しようとした母親トリシャが「スロウス」となり、イズミ・カーティスが錬成した死産の子が「ラース」として登場します。また、キング・ブラッドレイはラースではなく「プライド」として君臨していました。人間側の罪悪感とトラウマを直接具現化した2003年版の重厚な鬱展開は、王道少年漫画の完成形である原作・FA版とは全く異なる魅力を持つパラレルワールドとして、今なお語り草となっています。
