館内最大の見どころは、1952年の発掘場所をそのままプール状の施設として保存している「水中展示館」です。
地下へ降りると、青く澄んだ地下水の中に直径2〜3メートルを超える巨大なスギの根茎が沈められています。ガラス越しに間近で観察できるその姿は、まるで海底深く眠る古代遺跡のような荘厳さを漂わせています。水中に満たされているのは、立山連峰から湧き出るミネラル豊富な清冽な地下水であり、腐敗を防ぎながら当時の発掘状態を完全に維持しています。
一方の「乾燥展示館」では、発掘された樹根を空気中で保存展示しており、複雑に絡み合った力強い根のディテールや年輪の緻密さを立体的に観察可能です。さらに館内には実際に手を触れることができる展示コーナーも設けられており、2000年の時を経た木肌の冷涼な質感を肌で実感できます。
