湯守の里の代名詞ともいえるのが、手を入れるとわずか数センチで指先が見えなくなるほどの「黒湯」です。東京湾岸エリアにも黒湯は点在しますが、ここ深大寺温泉の源泉が別格視される理由は、その形成過程と圧倒的な有機質含有量にあります。
地下1500メートルの地層から湧出する湯は、数百万年前の古代海水や植物プランクトンが長い年月をかけて蓄積・分解されたもの。その過程で生まれるアミノ酸やミネラル、特にフミン酸（腐植酸）と呼ばれる植物性有機物が豊富に含まれています。フミン酸は優れたキレート作用（老廃物の吸着・排出）や肌の保湿・抗酸化サポートが学術的にも注目されており、入浴後の肌が驚くほど滑らかになると評判です。
さらに特筆すべきは、温泉水の浸透圧が人間の体液とほぼ等しい「等張性温泉」である点です。一般的な高張性温泉（塩分濃度が高く浸透圧が強い湯）は湯あたりを起こしやすい反面、等張性の湯は長湯をしても身体への負担が極めて少なく、じんわりと芯から温まる特徴を持ちます。冷え性や神経痛、疲労回復へのアプローチとして古くから湯治に用いられてきた確固たる裏付けがここにあります。
加えて、この施設が唯一無二とされるもう一つの要因が「風水設計」です。創業者の強いこだわりにより、露天風呂エリアは陰陽五行説に基づき、自然石や巨木、竹林が気の流れを整えるように配置されています。夜間には木々や露天風呂にプロジェクションマッピングの幻想的な光が投影され、古来の東洋思想とデジタル演出が融合した神秘的な空間の中で、視覚的にも深いリラクゼーションへと誘われます。
