オープニングの「勇気100%」が圧倒的な知名度を誇る一方で、エンディング曲や作中挿入歌もまた、名曲の宝庫としてファンから高く評価されている。「Dancing Junk」や「DON'T MIND涙」、「SHAKING NIGHT」など、初期から中期にかけての楽曲はファンキーでソウルフルなサウンドが特徴だ。
また、「四方八方肘鉄砲」や「忍たまファミリー」によるキャラクターソングなど、作品の世界観をダイレクトに反映した楽曲も欠かせない。忍者アニメとしてのコミカルさと、NHKの長寿番組らしい温かみが同居するこれらのエンディング曲は、夕方の放映時間にぴったりの安心感を視聴者に与えてきた。