ユニセフを巡る議論で最も混同されやすいのが、国連ユニセフ本部と日本ユニセフ協会との違いです。この2つは法的に全く別の組織形態をとっています。
ニューヨークに本部を置く国連ユニセフ（UNICEF：国連児童基金）は、国際連合の総会によって設立された国際公務員からなる公的な国連機関です。これに対し、東京都港区に拠点を置く「公益財団法人 日本ユニセフ協会」は、日本の国内法に基づいて設立された民間の公益法人です。日本ユニセフ協会は国連機関そのものではなく、国連ユニセフ本部と正式な協力協定（承認協約）を結び、先進国33カ国に設置されている「ユニセフ国内委員会（ナショナル・コミッティ）」の1つとして機能しています。
この組織構造の複雑さに拍車をかけているのが、著名な女優である黒柳徹子氏の存在です。黒柳氏は1984年に国連ユニセフ本部から直接任命された「ユニセフ親善大使」であり、日本ユニセフ協会の役職に就いているわけではありません。彼女が個人として長年開設している「トットちゃん窓口（ユニセフ親善大使業務専用口座）」に集まった寄付金は、経費を一切差し引くことなく全額が国連ユニセフ本部に送金されます。
「黒柳徹子さんの窓口は全額送られるのに、日本ユニセフ協会を通すと2割近く引かれる」という比較対照が可視化されたことで、「協会は怪しい中間組織なのではないか」という疑念が定着しました。ただし、黒柳氏の口座運営にかかる事務経費や振込手数料などは本人の事務所や提携銀行が善意で負担・補填している特殊な事例であり、巨額の資金を恒常的に集める大規模組織においてこれを全件適用することは物理的に不可能です。
