多くの家族が直面する「なぜうちの子に眼球が作られなかったのか」という疑問に対し、近年の遺伝医学研究は急速に解明を進めています。無眼球症の原因として特定されている要因は、大きく分けて「遺伝子変異」「染色体異常」「母体内環境」の3つです。
遺伝子レベルでは、胎児の眼球発生をコントロールするSOX2やOTX2、PAX6といった主要転写因子の変異が深く関与していることが判明しています。特にSOX2遺伝子の異常は、両側性の無眼球症において高頻度で検出される代表的な因子です。
「生まれつき眼球がない症状は遺伝するのか」という点について、多くの症例は家系内に前例のない孤発例（de novo／新生突然変異）です。つまり、両親からの遺伝ではなく、受精卵が細胞分裂を繰り返す過程で突発的に生じた変異が大半を占めます。ただし、常染色体顕性（優性）遺伝や潜性（劣性）遺伝の形式をとる家系内遺伝のケースも一部存在するため、専門の遺伝カウンセリング外来で詳細なゲノム解析を受ける選択肢が定着しています。
また、妊娠初期の重度感染症（風疹やサイトメガロウイルスなど）や特定の薬剤曝露、極度のビタミンA欠乏といった環境的要因が眼杯形成不全を引き起こすことも報告されています。しかし、日常生活における一般的なストレスや軽微な体調変化が直接の原因になることは医学的に否定されています。
