宅配限定品とスーパーの市販品における最大の相違点は、1本あたりに含まれる乳酸菌 シロタ株（L. カゼイ YIT 9029）の菌数と機能性にあります。
店頭で広く販売されている定番「Newヤクルト」は1本（65ml）あたり200億個の乳酸菌シロタ株を含みます。これに対し、宅配限定の「ヤクルト400」は1本（80ml）に400億個と、実に2倍の菌密度を誇ります。さらに「ヤクルト400W」は、400億個のシロタ株に加えてガラクトオリゴ糖を5.0g配合し、腸内のビフィズス菌を増やしてお通じを改善するWの機能性表示食品として開発されました。
空前のヒットとなった1000シリーズを比較すると、宅配専用の「Yakult 1000」は1本100mlで1,000億個（1mlあたり10億個）、店頭販売用の「Y1000」は1本110mlで1,100億個を含有しています。含まれる菌の密度自体は同等ですが、宅配版は日々の継続飲用を想定したスリムなボトル設計と、1本あたり約140円（税別）という続けやすい価格設定が特徴です。
価格面でも差があります。宅配限定ヤクルトの値段は、ヤクルト400が1本あたり約86円〜90円（税別）前後となっており、Newヤクルト（1本あたり約48円前後）より高価ですが、菌の含有量と得られる健康ベネフィットを考慮するとコストパフォーマンスに優れていると評価されています。
