具体的に3年制限の対象外となる筆頭が、60歳以上の特例である。高年齢者の雇用促進を目的として、60歳以上の労働者に対しては期間制限が適用されない。また、派遣元企業と期間の定めのない雇用契約を結ぶ無期雇用派遣も、この3年制限から除外される大きな柱となっている。
さらに、有期プロジェクト業務や日数限定業務、産休・育休代替業務なども例外に含まれる。業界団体である一般社団法人日本人材派遣協会の調査や広報資料でも、自身の雇用条件がどの例外区分にあてはまるかを事前に把握しておく重要性が繰り返し強調されている。