黒にんにくは熟成過程で刺激成分である「アリシン」が激減するため、生にんにくに比べて胃への負担は大幅に軽減されています。だからといって「胃に完全に優しい」と過信するのは禁物です。黒にんにくには豊富なフルクタン（水溶性食物繊維）や有機酸が含まれており、これが胃酸の分泌を活性化させます。
もともと胃炎や胃潰瘍、重度の逆流性食道炎を患っている人、あるいは胃の粘膜が極端に弱い人が空腹時に摂取すると、激しい胃痛や胸やけ、下痢を引き起こすケースが報告されています。腸内環境を整えるはずの成分が、過剰な刺激となって裏目に出る典型例です。
