夏休みに海底キャンプへ出かけたドラえもん、のび太、しずか、ジャイアン、スネ夫の5人は、ひみつ道具の「水中バギー」とともに海底ドライブを楽しんでいました。しかし、一行はバミューダ・トライアングル周辺の海底に存在する高度な文明「ムー連邦」の領海へ迷い込み、パトロール隊に捕らえられてしまいます。
そこで明かされたのは、遠い昔に滅亡した好戦的な隣国「アトランティス連邦」の存在でした。アトランティスが残した巨大な自動報復システム鬼岩城（メインコンピューター・ポセイドン）が、海底火山の活動を敵の攻撃と誤認し、地球全土を破壊する核兵器「鬼角弾」を発射しようとしていたのです。
地上と海底の世界滅亡を阻止するため、エルとドラえもん一行は危険なバミューダ海域の鬼岩城へと潜入を決意します。冷戦時代の世界情勢を生々しく投影した終末の危機と、タイムリミットが迫るサスペンス展開は、映画ドラえもんの枠を超えたスケールで読者を引き込みます。
