お召列車の運行時におけるお召列車警備体制は、一般の列車運行とは完全に一線を画します。運行ルート上の線路は事前にミリ単位の軌道狂いまで点検され、沿線のすべてのポイント（分岐器）は誤作動を防ぐために鎖錠（物理的なロック）措置が取られます。
運行当日は、本列車の通過約15分〜30分前に「露払い」役となる先導列車（先行列車）が走行し、線路上の支障物や不審物の有無を徹底確認します。さらに、本列車の直後にも後続警備列車が設定され、万全のバックアップ体制が敷かれます。
沿線の全踏切には警察官が配置され、列車通過時には踏切の手前で歩行者や自動車の通行が完全に遮断されます。また、駅ホームの自動販売機の使用停止、ゴミ箱の完全封鎖、跨線橋や陸橋からの立ち入り規制など、JR各社と警察本部（警備部・要人警護課）が緊密に連携した「絶対安全」のオペレーションが展開されます。
