本作の最高戦力と称される「神妖怪」や「レジェンド妖怪」は、単にQRコードを読み込むだけで自動的に手持ちに加わるわけではありません。QRコードはあくまで「挑戦権（鍵アイテムやストーン）」を入手するためのトリガーとして設計されています。
特に問い合わせが多い妖怪ウォッチ3 エンマ大王 QRコードについては、映画連動メダルや「エンマブレード」のQRコードを読み込むことで専用装備や挑戦用アイテムが解放されます。バージョン4.0への大型アップデート環境、あるいは妖怪ウォッチ3 スキヤキ QRコードを活用した『スキヤキ』バージョンでは、バスターズT（トレジャー）のダンジョン探索が神妖怪入手のメインステージとなります。
神妖怪（覚醒エンマ、ぬらり神、先代閻魔大王、覚醒日ノ神など）を仲間にするための妖怪ウォッチ3 神妖怪 入手方法は、以下の3ステップが基本骨子となります。
- 専用ストーンのQRコード読み込み：神妖怪ごとの「神の迷宮」へ挑むためのストーンを入手。
- バスターズT「神の迷宮」の踏破：高難易度ダンジョンを潜り抜け、最深部に待ち構える神妖怪ボスを撃破。
- ヌーパーツからの友達チャンス：ダンジョンクリア時の報酬判定（ヌーパーツ鑑定）やバトル後の直接勧誘で仲間に加える。
また、妖怪ウォッチ3 レジェンド妖怪 QRコード（ラストブシニャンパスなどの各種パス系メダル）も同様の構造です。USAのヘリコプター移動でしか行けない高台へ赴き、1日1回のバトルを繰り返して好物や必殺技を駆使しながら友達契約を結ぶ必要があります。
