皮ごと電子レンジで調理する際に、絶対に油断してはならないのが天然毒素への配慮です。農林水産省や消費者庁の啓発情報でも注意喚起されている通り、じゃがいもの芽や光に当たって緑色に変色した皮の部分には、ソラニンやチャコニンといった天然のグリコアルカロイド（毒素）が多く含まれています。
「レンジで加熱すれば毒素も消えるのでは」と誤解されがちですが、ソラニンやチャコニンは熱に非常に強く、一般的なレンジ加熱温度（100℃前後）ではほとんど分解されません。摂取すると吐き気、下痢、腹痛、めまいなどの食中毒症状を引き起こす危険があります。
そのため、レンジに入れる前の下処理段階で、以下の2点を徹底してください。
1. 芽の基部（根元）を含めて、包丁のあごやピーラーの突起で深めにえぐり取る。
2. 皮が緑色に変化している箇所は、皮むき裏技に頼らず、その部分の皮と緑色の果肉を包丁で厚めに削ぎ落とす。
特に春先に出回る小ぶりな「新じゃが」は皮が薄く手軽に食べられますが、未熟なじゃがいもにも毒素が多く含まれる場合があるため、変色チェックは入念に行う必要があります。
