樟南高校の受験を検討する上でまず把握すべきは、設置学科ごとに学力水準と目標進路が明確に分かれている点です。普通科の中に複数のコースが設けられており、それぞれの樟南高校の偏差値および教育アプローチには明確な差異が存在します。
最上位に位置する文理コースは偏差値60〜62前後に位置し、鹿児島大学をはじめとする地方国公立大学や難関私立大学の現役合格をターゲットにした密度の高い指導を展開しています。続いて中堅上位の進学を目指す「英数コース」（偏差値50前後）、部活動と基礎学力の定着を両立させる「未来創造コース」（偏差値43前後）が設置されています。
実務教育を担う商業科および工業科は偏差値40〜44前後となっており、専門資格の取得や地元優良企業への就職、専門推薦枠を活用した大学進学に強みを持ちます。近年の入試倍率は学科・コースによって差があるものの、推薦入試・専願入試では安定した志望者数を維持しており、文理コースや専門学科の特定枠では堅実な競争倍率が見られます。
