近年のシステム刷新により、隠岐汽船のネット予約サービスは格段に利便性が向上しました。SNSや大手旅行コミュニティの口コミ分析によると、「以前のような電話窓口の混雑に悩まされることなく、スマホ画面上でリアルタイムの空席確認とシートマップ指定ができるようになった」と高評価を集めています。特に境港発着の便や高速船レインボーJETは席数が限られるため、大型連休やお盆・紅葉シーズンにはネット予約の争奪戦が発生します。
ただし、利用者の生の声から見えてきた注意点も存在します。「2等客室（自由席）であれば予約なしでも当日窓口で購入できるが、繁忙期は窓口に長蛇の列ができるため、結局ネット事前決済組がスムーズに乗船案内される」という実態です。特に特等・1等の個室や指定席を狙う場合、乗船日の2ヶ月前同日からの予約開始直後に押さえるのが鉄則となっています。
また、隠岐諸島の地理を攻略する上で最大のポイントとなるのが、「島後（西郷）」と「島前（どうぜん：西ノ島・中ノ島・知夫里島）」の移動プロトコルです。島前3島の間は、隠岐汽船の大型フェリーだけでなく、隠岐観光観光課および内航船組合が運航する「内航船（いそかぜ・フェリーどうぜん）」が1日に10便以上往復しています。この内航船を活用すれば、宿泊地を島前の1つの島に固定したまま、日帰りで残る2島を自由自在に周遊することが可能です。
