この博物館の目玉として長年絶大な人気を誇り、2026年現在も行列が途切れないのが運転シミュレーターコーナーだ。なかでも千代田線や東西線の実物大カットモデルを使用したシミュレーターは、プロの訓練用機器さながらの精度の高さを誇る。
実際に運転席に腰を下ろし、マスコン（主制御器）とブレーキハンドルを握ると、目の前の大画面に実写の沿線風景が流れる。それだけではない。車体が加減速やカーブに合わせて動的に揺れ動く「モーションシステム」が組み込まれており、本物の電車を操縦しているかのようなG（重力加速度）すら体感できるのだ。後方では「もう少しブレーキを早めに！」とアドバイスを送る親と、必死の面持ちでノッチを刻む子供、そして真剣な眼差しで挑戦する大人の鉄道ファンが入り混じり、独特の熱気が渦巻いている。
